真菌性髄膜炎は、主に免疫不全患者に発症する日和見感染症であり、クリプトコックス・ネオフォルマンスが原因の大部分を占める。髄液の墨汁染色で「莢膜を持つ菌体」を確認するのが伝統的かつ頻出の診断方法である。
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亜急性の頭痛、発熱、悪心・嘔吐。
髄膜刺激症状は細菌性に比べて軽微なことがある。
精神症状や視力障害、脳圧亢進に伴う症状。
髄液検査：細胞数：増加（リンパ球優位）。糖：低下。蛋白：上昇。
微生物学的検査：『墨汁染色』で莢膜を有する酵母様真菌の証明。髄液・血清『クリプトコックス抗原』陽性。真菌培養（サブロー培地）。
導入療法：『アムホテリシンB（L-AMB）』 ＋ 『フルシトシン（5-FC）』の2週間以上の併用。劇的に脳圧が上がるため、頻回の腰椎穿刺で髄液を抜く減圧処置が必要になる。
維持療法：『フルコナゾール』の内服を長期継続する。
病態
ハトの糞などに含まれるクリプトコックスを吸入し、肺から血行性に髄膜へ達する。HIV感染、ステロイド長期使用者、悪性腫瘍患者などの細胞性免疫不全がリスクとなる。
試験・臨床での重要ポイント
画像問題での『墨汁（India ink）染色』が絶対暗記。黒い背景の中に、大きな『莢膜（カプセル）』に包まれて白く抜けて見える丸い菌体が出たら診断確定。最近は『クリプトコックス抗原（ラテックス凝集反応）』の感度が非常に高く、臨床ではこちらが主役。治療薬は『アムホテリシンB ＋ フルシトシン』の併用が第一選択。
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MRSA腸炎は、広域抗菌薬の使用により正常な腸内細菌叢が抑制され、耐性を持つメチシリン耐性黄色ブドウ球菌（MRSA）が異常増殖して生じる交代現象（菌交代症）の一つである。高齢者の術後などに激しい水様便や緑色便をきたし、急速に脱水・ショックへ進行する重症病態である。
肺炎球菌による市中肺炎（CAP）の最多かつ最も重要な原因疾患。悪寒戦慄を伴う急激な高熱と、「鉄錆色痰（てつさびいろたん）」が特徴的。肺の一葉がベッタリと白くなる大葉性肺炎を呈する。
レジオネラ肺炎は、温泉や24時間風呂、空調の冷却塔などの水系設備から発生するエアロゾルを吸入することで感染する、重症化しやすい非定型肺炎である。高熱に不釣り合いな「相対的徐脈」と、消化器・神経症状、および「低ナトリウム血症」を伴うのが特徴である。
マイコプラズマ肺炎は、「若年者（学童〜若年成人）」に好発する非定型肺炎の代表である。頑固な乾いた咳（乾性咳嗽）が特徴で、細胞壁を持たない菌であるためペニシリンなどのβラクタム系抗菌薬が無効であり、マクロライド系が第一選択となる。
