脳幹のα2アドレナリン受容体を刺激する。Giを介してアデニル酸シクラーゼを抑制し、cAMPを減少させるとともに神経終末からのノルアドレナリン放出を抑える。中枢性交感神経出力が低下し、末梢血管抵抗、心拍数、レニン分泌が減少して血圧が低下する。末梢のシナプス前α2受容体にも作用する。

本態性高血圧症や腎性高血圧症に用いられる。ほかの降圧薬で十分な効果が得られない場合や、特定の病態で交感神経活動の抑制が有用な場合に選択される。投与を中止する際は段階的に減量する。

口渇、眠気、鎮静、倦怠感、便秘、めまい、徐脈、起立性低血圧がみられる。長期投与後の急な中止では交感神経活動が反跳し、著明な高血圧、頻脈、頭痛、振戦、不安を起こす。血圧、脈拍、意識状態を確認する。

中枢神経抑制薬やアルコールとの併用で眠気と鎮静が増強する。β遮断薬併用中にクロニジンを先に急中止すると、反跳性高血圧が重篤化することがある。三環系抗うつ薬は降圧作用を減弱させる可能性がある。